James M. Ferguson
Bioinformaticien
Je suis un bioinformaticien spécialisé dans les technologies génomiques, le séquençage des nanopores en temps réel, l'analyse du signal, l'apprentissage automatique et le matériel associé. J'ai une formation en développement de logiciels et plus d'une décennie d'expérience dans l'industrie de la pathologie.
recherche d'intérêts
Je suis analyste des systèmes génomiques à l'Institut Garvan avec une formation en tests de pathologie clinique, en algorithmes et en développement de logiciels. À la tête du développement informatique au sein du groupe des technologies génomiques du Centre de génomique des populations, j'applique mes compétences uniques pour développer de nouveaux outils bioinformatiques, ainsi que pour concevoir et soutenir l'infrastructure de séquençage des nanopores.
Mes domaines de recherche incluent :
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Analyse du signal nanopore
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Essais cliniques et développement de méthodes
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Troubles à répétition courte en tandem
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Génomique virale (VIH/SARS-Cov-2)
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Séquençage unicellulaire
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Séquençage direct de l'ARN
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Assemblage du génome
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Détection de méthylation
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Apprentissage automatique/profond
Faits saillants des publications
Ferguson, JMet MA Smith (2019). "SquiggleKit : une boîte à outils pour manipuler les données de signal des nanopores." Bioinformatique 35(24): 5372-5373.
Smith, MA, T. Ersavas,JM Ferguson, H. Liu, MC Lucas, O. Begik, L. Bojarski, K. Barton et EM Novoa (2020). "Code-barres moléculaire des ARN natifs utilisant le séquençage des nanopores et l'apprentissage en profondeur." Génome Res 30(9): 1345-1353.
Ferguson, JM, H. Gamaarachchi, T. Nguyen, A. Gollon, S. Tong, C. Aquilina-Reid, R. Bowen-James et IW Deveson (2021). "InterARTIC : une application Web interactive pour l'analyse du séquençage des nanopores du génome entier du SRAS-CoV-2 et d'autres virus." Bioinformatique.